Warning MSB3644

Если в процессе работы с MSBuild'ом вы столкнулись с Warning'ом MSB3644, который выглядит примерно вот так:

C:\Program Files (x86)\MSBuild\14.0\bin\Microsoft.Common.CurrentVersion.targets(1097,5): warning MSB3644: The reference assemblies for framework ".NETFramework,Version=v4.0" were not found. To resolve this, install the SDK or Targeting Pack for this framework version or retarget your application to a version of the framework for which you have the SDK or Targeting Pack installed. Note that assemblies will be resolved from the Global Assembly Cache (GAC) and will be used in place of reference assemblies. Therefore your assembly may not be correctly targeted for the framework you intend.  

Имейте ввиду, что чинится это очень просто, необходимо только при сборке проекта через MSBuild указать параметр /p:FrameworkPathOverride="C:\Program Files (x86)\Reference Assemblies\Microsoft\Framework\.NETFramework\v4.5.1" с соответствующим путем до директории с версией .NET 4.5.1, которая также включает в себя все, что необходимо для .NET 4.0.